Durante de 19 años..

La administración de las capitanías estuvo a cargo de los nobles, pero, en 1549, el rey nombró un gobernador general o "Capitán mayor" representante del rey que administraría toda la colonia. El propósito de este gobierno era que el rey de Portugal gobernara a Brasil con el asesoramiento del Consejo Ultramarino, además de unificar el gobierno colonial. Sin embargo, aunque se pretendió quitar poderes a los capitanes generales, realmente continuaron dominando la colonia.